Trakya Üniversiteler Birliği 19 Nisan 2012 tarihinde Trakya Üniversitesi, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi ve Kırklareli Üniversitesi’nin katılımıyla kurulmuştur. Prof. Dr. Enver DURAN Başkanlığında Trakya Üniversitesi’nde gerçekleşen toplantıya Prof. Dr. Mustafa AYKAÇ, Prof. Dr. Osman ŞİMŞEK ve Prof. Dr. Hamit PALABIYIK katılmışlardır. 2018 yılında Bandırma Onyedi Eylül Üniversitesi katılımcı üye olarak birliğe dâhil olmuştur.
Trakya Üniversiteler Birliği’nin dönem başkanlıkları ikişer yıl süreyle; 2012-2014 tarihleri arasında Kırklareli Üniversitesi önceki dönem Rektörü Prof. Dr. Mustafa AYKAÇ, 2014-2016 tarihleri arasında Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi önceki dönem Rektörü Prof. Dr. Osman ŞİMŞEK, 2016-2018 tarihleri arasında Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi önceki dönem Rektörü Prof. Dr. Yücel ACER, 2018-2020 tarihleri arasında Prof. Dr. Erhan TABAKOĞLU tarafından üstlenilmiştir. 01.07.2020 tarihinde gerçekleştirilen TÜB 17. Üst Kurul Toplantısında ise Trakya Üniversiteler Birliği Dönem Başkanlığı Kırklareli Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Bülent ŞENGÖRÜR’ün uhdesine geçmiştir.
Bugüne kadar toplam 19 Üst Kurul ve 19 Alt Kurul Toplantısı gerçekleştiren Trakya Üniversiteler Birliği üye üniversiteler birlikteliğinde ortak yüksek lisans, doktora, uzaktan eğitim protokolleri oluşturulmakta, araştırma laboratuvarları ortak kullanım çalışmaları yürütülmekte ve diğer sosyal, kültürel ve sportif faaliyetlerin gerçekleştirilmesi adına her yıl adımlar atılmaktadır.