Trakya Üniversiteler Birliği 19 Nisan 2012 tarihinde Trakya Üniversitesi, Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi ve Kırklareli Üniversitesi’nin katılımıyla kurulmuştur. 2018 yılında Bandırma Onyedi Eylül Üniversitesi, 1 Temmuz 2024 tarihinde gerçekleşen 23. Üst Kurul toplantısında Balıkesir Üniversitesi katılımcı üye olarak birliğe dâhil olmuştur.
Trakya Üniversiteler Birliği Dönem Başkanlığı’nı ikişer yıl süreyle; 2012-2014 tarihleri arasında Kırklareli Üniversitesi, 2014-2016 tarihleri arasında Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi, 2016-2018 tarihleri arasında Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi, 2018-2020 tarihleri arasında Trakya Üniversitesi, 2020-2022 tarihleri arasında Kırklareli Üniversitesi Rektörü yürütmüştür. 08.11.2022 tarihinde gerçekleştirilen TÜB 20. Üst Kurul Toplantısında ise Trakya Üniversiteler Birliği Dönem Başkanlığı Kırklareli Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Bülent ŞENGÖRÜR’den Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Mümin ŞAHİN’in uhdesine geçmiştir.
Bugüne kadar toplam 23 Üst Kurul ve 23 Alt Kurul Toplantısı gerçekleştiren Trakya Üniversiteler Birliği üye üniversiteler birlikteliğinde ortak yüksek lisans, doktora, uzaktan eğitim protokolleri oluşturulmakta, araştırma laboratuvarları ortak kullanım çalışmaları yürütülmekte ve diğer sosyal, kültürel ve sportif faaliyetlerin gerçekleştirilmesi adına her yıl adımlar atılmaktadır.