Trakya Üniversiteler Birliği Alt Kurulu aşağıdaki gibidir:
- Prof. Dr. Ünal ÇAĞLAR- Kırklareli Üniversitesi Rektör Yardımcısı-TÜB Alt Kurul Dönem Başkanı
- Prof. Dr. Murat TÜRKYILMAZ- Trakya Üniversitesi Rektör Yardımcısı
- Prof. Dr. Süha ÖZDEN- Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Rektör Yardımcısı
- Prof. Dr. Yılmaz ÇAKICI-Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Rektör Yardımcısı
- Prof. Dr. Celalettin YANIK-Bandırma Onyedi Eylül Üniversitesi Rektör Yardımcısı (Katılımcı Üye)